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增值税纳税人发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。增值税纳税人申请代开专用发票时，应填写《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》（以下简称《申报单》），连同税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费。
增值税纳税人按4%或6%预缴税款后，凭《申报单》和税收完税凭证及税务登记证副本，到代开专用发票岗位申请代开专用发票。
主管税务机关为小规模纳税人代开专用发票，应在专用发票“单价”栏和“金额”栏分别填写不含增值税税额的单价和销售额：“税率”栏填写增值税征收率４％（商业）或６％（其他）：“税额”栏填写按销售额依照征收率计算的增值税税额。增值税一般纳税人取得由税务机关代开的专用发票后，应以专用发票上填写的税额为进项税额。
主管税务机关为小规模纳税人代开专用发票后，发生退票的，可比照增值税一般纳税人开具专用发票后作废或开具红字发票的有关规定处理。由销售方到税务机关办理，对于重新开票的，应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，退还其已征的税款。
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