目前，对常驻代表机构征税主要有三种计算方法。
按实计算征税：常驻代表机构能够提供签订的合同、佣金率等全部资料、凭证，并且建有账册，进行账务收支和成本费用核算。其中，境外费用支出部分还能够提供当地注册会计师证明的，经税务机关审查同意，可以按其申报的实际收入额计算征税。
核定收入额计算征税：常驻代表机构如果仅能提供在中国境内从事居间介绍、代理等签订的全部合同资料，但合同中没有载明佣金金额（或者属于同一常驻代表机构的多项业务合同，其中一部分合同载明佣金金额，一部分合同没有载明佣金金额），不能提供准确的证明文件和正确申报收入额的，或者不能提供准确的成本、费用凭证，正确计算应纳税额的，经税务机关审查同意，可以用核定收入额的方法计算征税。
按经费支出额换算收入计算征税：常驻代表机构未能提供有效的合同、协议等凭证资料，正确区分应税业务活动和不征税活动；或者代表机构经常与总机构共同向客户提供各项服务，未能提供有效资料、凭证，正确划分代表机构与总机构应分享的收入额；或者代表机构不能提供准确的证明文件，区分其中自营商品贸易还是代理商品贸易及其他未能准确申报收入额的，税务机关可依照《营业税暂行条例实施细则》第十五条的规定，采用按经费支出换算收入方法确定收入额并据以征收营业税。
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