第一，申报抵扣是否符合规定
运输发票申报抵扣应关注《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、道路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第二，申报程序是否符合规定
增值税一般纳税人取得的所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写并报送《增值税运输发票抵扣清单》（还需同时报送电子信息），必须填写其中的“取得运输发票单位名称及识别号”栏，否则，所取得的运费发票不能作为增值税进项抵扣凭证；未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣；未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票就不能计算抵扣进项税额。但2007年4月1日起，取得运输发票需要通过认证后可以抵扣。
第三，取得票种及开具内容是否合法有效
按规定自开票纳税人和代开票单位必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。货运发票的发货人、收货人、起止地、运输方式、货物名称、数量单价、运输金额必须填写齐全，并与购销货发票所列的有关内容相符，运输发票支付货款单位必须与抵扣凭证的销货单位或者提供劳务单位一致。
取得运输发票单位如相关信息不符合上述规定，计算的增值税进项税额不能抵扣。
第四，擅自扩大抵扣金额
准予抵扣进项税额的运输费用，是指运输单位开具的发票上注明的运费、建设基金，但不包括随同运费支付装御费、保险费等其它杂费。
有些企业将购进固定资产支付的运费列入进项税进行抵扣；向非一般纳税人购进货物，因无法取得增值税专用发票抵扣税款，由购货方将购物的货款以运输发票充数，按照7%抵扣进项税额；购进或者销售免税货物所发生的运输费用，作为进项税额抵扣；购货单位详细运输记录中的装卸、吊装、仓储、清理等杂费也混入运输费中。
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